Su nombre era Iñigo López de Loyola, que cambió entre 1537 y 1542 por el de Ignacio «por ser más universal», o «más común a las otras naciones». Según la tradición, fue el último de los ocho hijos varones de Beltrán Ibáñez de Oñaz, señor de Loyola, y Marina Sánchez de Licona.
I. Inicios
Sobre su fecha se estima alrededor de 1491. Su padre debió de fallecer antes de 1506; su madre, poco después de otorgar testamento el 23 octubre 1507. Por estos años, el joven Iñigo se incorporó en Arévalo (Ávila) a la familia del contador mayor [ministro de Hacienda] de los reyes, Juan Velázquez de Cuéllar. Allí pasó unos diez años, en los cuales tuvo ocasión de acompañar al contador durante sus viajes a la corte y otros lugares. Con los libros de su protector pudo adquirir una cierta cultura y perfeccionar su escritura, que le mereció ser considerado «muy buen escribano».
Tomó parte en la defensa de Pamplona al ser atacada (1521) por el ejército francés. Incitó a sus compañeros de armas a resistir en el castillo, pero fue herido por una bala que le rompió una pierna y le lesionó la otra.
II. Conversión y Peregrinaciones
Durante su convalecencia pidió que le diesen libros de caballerías para entretenerse, pero al no encontrarse en la casa, le dieron a leer la Vida de Cristo. La lectura de estos libros le provocó una lucha interior que le abrió el paso a su conversión. Se dio cuenta de que, cuando se entretenía en pensamientos mundanos, encontraba gusto en ellos, pero después se sentía árido y descontento; mientras que cuando pensaba en imitar a los santos, cuyas vidas estaba leyendo, no sólo se consolaba con estos pensamientos, sino que después de dejados, quedaba contento y alegre. La pregunta que se hacía a sí mismo era: «¿Qué sería si yo hiciese lo que hicieron Santo Domingo y San Francisco? y se proponía: ¿Santo Domingo hizo ésto? Pues yo lo tengo de hacer. ¿San Francisco hizo ésto? Pues yo lo tengo de hacer.» Decidió romper con su vida pasada y empezar una nueva. Su primer propósito fue realizar una peregrinación a Jerusalén.
Salió de Loyola en febrero 1522, con el plan de dirigirse a Barcelona y de allí a Roma, para procurarse el necesario permiso del Papa en orden a su peregrinación. En Montserrat, se preparó por un tiempo a una confesión general, que duró tres días, y la vela de armas, que realizó ante la imagen de la Virgen morena en la noche del 24 al 25 marzo 1522.
El 25 de Marzo emprendió el camino hacia Manresa. Su estadía allí se prolongó unos once meses, y puede dividirse en tres períodos: uno de calma casi en un mismo estado interior; el segundo, de terribles luchas interiores, dudas y escrúpulos acerca pasadas, con tentaciones de suicidio; el tercero consolaciones e ilustraciones divinas, que tuvieron por objeto el misterio de la Eucaristía y otros. Lo que allí vio, probablemente, fue el nuevo rumbo que había de imprimir a su vida: cambiar el ideal del peregrino solitario por el de trabajar en bien de las almas, con compañeros que quisiesen seguirle en la empresa.
En febrero 1523 dejó Manresa para ir a Roma a conseguir el permiso Pontificio para viajar a Jerusalén. Llegó a Jerusalén el 4 de septiembre. Iñigo siguió a sus compañeros en la visita a los Santos Lugares. Pero su intención secreta era quedarse allí establemente, en parte para satisfacer a su devoción y en parte para ejercitar su apostolado con sus habitantes. El provincial de los franciscanos, encargados de la Custodia de la Tierra Santa, se opuso tenazmente a aquel proyecto por el peligro que corría la seguridad personal de los forasteros en la región. Iñigo se vio, pues, forzado a renunciar a su sueño y emprender el viaje de vuelta.
III. Estudios
Se instaló entonces en Barcelona. Allí, a sus 33 años, empezó a estudiar latín.
Pasados dos años, se trasladó a Alcalá para cursar la filosofía. Estuvo en la ciudad desde marzo 1526 a junio 1527, dedicado más a sus actividades apostólicas que al estudio. El extraño modo de vestir que él y sus compañeros usaban y sus reuniones para hablar de cosas espirituales, infundieron sospechas en las autoridades eclesiásticas, precavidas contra las desviaciones de los alumbrados de la región. Se le hicieron tres procesos, tras los cuales quedó libre. Sin embargo, ante la evidencia de que se le cerraban las puertas para el apostolado, se determinó ir a París para proseguir sus estudios.
Iñigo obtuvo el grado de bachiller en Artes en 1532, el de licenciado en 1533 y el de maestro en 1535. Estudió teología durante año y medio, teniendo que interrumpirla por motivos de salud.
IV. Hacia la Fundación de la Compañía de Jesús
Entre tanto se habían juntado con Iñigo los compañeros que habían de fundar con él la Compañía de Jesús. Todos ellos se proponían «servir a nuestro Señor, dejando todas las cosas del mundo», como escribió Laínez, uno de ellos. Este plan se concretó en el voto de Montmartre, que pronunciaron el 15 agosto 1534 y lo renovaron el mismo día los dos años siguientes. En aquel voto prometieron vivir en pobreza y realizar una peregrinación a Jerusalén. Si esperado un año, la peregrinación resultase imposible, se ofrecerían al Papa, para que él los enviase allá donde juzgase más conveniente.
Ignacio y sus compañeros recibieron las órdenes de mano de Vicente Negusanti, obispo de Arbe (actual Rab, Croacia). El grupo de compañeros tuvo que reconocer finalmente que la proyectada peregrinación era imposible y, en consecuencia, decidió ponerse a disposición del Papa.
En noviembre 1537, Ignacio entró definitivamente en Roma. Allí, mientras los otros compañeros se dedicaban a otras tareas apostólicas, él daba Ejercicios. Ignacio quiso que se iniciase un proceso formal para la instauración de la Compañía de Jesús. Procuró y obtuvo una audiencia del Papa en Frascati. El 8 abril se procedió a la elección de su primer General, que recayó, por voto unánime, en Ignacio. Tras la elección del General, el 22 de abril hicieron todos los presentes la profesión en la basílica de San Pablo extramuros; los ausentes la hicieron en fechas y lugares diferentes.
V. Actividad en Roma como General
Salvo brevísimas ausencias, Ignacio permaneció en Roma el resto de su vida. Resumiendo su actividad durante el generalato, pueden distinguirse en él dos aspectos: su apostolado directo en la ciudad de Roma y su acción de gobierno de la Compañía de Jesús.
En los quince años de su gobierno logró dar a la Compañía una organización ejemplar, infundirle un espíritu y abrirle las puertas hacia un apostolado universal. Fue más hombre de acción que un especulativo. En la estructura que dio a la congregación introdujo novedades que chocaron con la mentalidad de su tiempo.
No quiso tener hábito propio ni coro ni penitencias impuestas por regla ni tiempos determinados de oración para los jesuitas formados. Todo ello para que los jesuitas tuviesen aquella movilidad y disponibilidad que exigía su forma de vida y su proyecto apostólico. Por lo mismo, no admitió una rama femenina en la Compañía ni quiso aceptar el cuidado habitual de religiosas sujetas a su obediencia. Tampoco admitió dignidades eclesiásticas o civiles.
Su salud se resintió para toda la vida luego de las ásperas penitencias practicadas después de su conversión. Murió en la madrugada del 31 julio 1556. Su cuerpo fue sepultado en la pequeña iglesia de Santa Maria de la Strada y, en sucesivas traslaciones, depositado en el actual altar de dedicado a él en la iglesia del Gesù (Roma). Beatificado el 27 julio 1609 fue canonizado por Gregorio XV el 12 marzo 1622 junto con Francisco Javier, Teresa de Jesús, Isidro Labrador y Felipe Neri. Pío XI le nombró (1922) patrono de los Ejercicios Espirituales y de las obras que los promueven.